Στον χώρο  αυτό μπορεί ακόμα κανείς να δει την προσωπογραφία του Ανδρέα Μιαούλη ,  του μεγαλύτερου αγωνιστή τού  υδραικού  ναυτικού αγώνα  φιλοτεχνημένη από το ζωγράφο Γεώργιο Ραψομανίκη (1880). Εντυπωσιάζει τον επισκέπτη επίσης άλλο ένα  ιδιαίτερο έκθεμα. Πρόκειται για την ασημένια λήκυθο  με   την ταριχευμένη καρδιά του ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη. Ο Βασιλεύς Οθων  έδωσε εντολή να αποσπαστεί  από το νεκρό σώμα του αγωνιστή  στις 11 Ιουνίου 1835 και να τοποθετηθεί στην λήκυθο ως σύμβολο ανδρείας και πατριωτισμού. Επάνω της  είναι γραμμένη η επιγραφή   «ΧΑΙΡΕ Η ΚΑΡΔΙΑ ΤΟΥ ΑΝΔΡΕΑ ΜΙΑΟΥΛΗ». Η λήκυθος με το προσκύνημα  αυτό δωρήθηκε  τιμής ένεκεν στην Υδρα, την ιδιαίτερη πατρίδα του Μιαούλη. Στο χώρο πριν από το ιερό αυτό κειμήλιο, έχει τοποθετηθεί ομοίωμα του σταυρού τού Μιαούλη. Σύμφωνα με τις μαρτυρίες ο  ναύαρχος είχε  αυτό το σταυρό μαζί του  σε όλες  τις ναυτικές επιχειρήσεις του  και την κρίσιμη στιγμή  της επίθεσης τον προέτασσε κατά του εχθρού. 

Στα εκθέματα του Μουσείου , περιλαμβάνονται  επίσης όπλα Υδραίων ναυμάχων, τρομπόνια, πιστόλες, σπαθιά, καριοφίλια κλπ. . Στα χρόνια  του ελληνικού Αγώνα κατά των Οθωμανών, το προνόμιο της αγοράς καλών όπλων  το είχαν περισσότερο οι νησιώτες και  βεβαίως οι Υδραίοι ναυτικοί, που λόγω των ταξιδιών τους είχαν τη δυνατότητα  να διαλέγουν και να προμηθεύονται όπλα από το εξωτερικό , κυρίως από τα λιμάνια της Ισπανίας , της Αγγλίας , της Γαλλίας και της Ιταλίας. Έτσι, ο επισκέπτης μπορεί να δει  τα τρομπόνια του Γεωργίου Σαχτούρη και του Ανδρέα Πιπίνου, τις ασημοποίκιλτες πιστόλες του Γιακουμάκη Τομπάζη αλλά και τα σπαθιά του Αγωνιστή Πανουργιά ή τουρκικά όπλα -λάφυρα από διάφορες νικηφόρες ναυμαχίες τυ υδραίικου στόλου.. 

Το Ιστορικό Αρχείο  διαθέτει  πλούσιο υλικό για τους ιστορικούς και τους ενδιαφερόμενους ερευνητές . Όσον αφορά τα χειρόγραφα έγγραφα, αυτά ανέρχονται σε 18.000 ερίπου ενώ υπάρχουν και 122 –χειρόγραφοι κυρίως- κώδικες και κοινοτικά κατάστιχα , που καλύπτουν χρονικά  την περίοδο  από τις αρχές του 18ου έως και τα μέσα του 19ου αιώνα

Στις συλλογές του Ι στορικού Αρχείου Ύδρας περιλαμβάνονται  επίσης ατομικοί φάκελλοι Αγωνιστών και προσωπικοτήτων όπως του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, του Ιωάννη  Μακρυγιάννη , του Ανδρέα Μιαούλη, του Ιωάννη Καποδίστρια αλλά και σιγίλιον του Πατριάρχη Γρηγορίου του Ε  καθώς και πολλές επιστολές φιλελλήνων.

Η διάσωση και ταξινόμηση του υλικού αυτού,  που δίνει  πολλές πληροφορίες  για την   κατάσταση της Ελλάδας τούς δύο προηγούμενους αιώνες, οφείλεται στον Υδραίο ιστοριοδίφη Αντώνιο Λιγνό , ο οποίος ως Διευθυντής του ΙΑΜΥ από το 1920  έως το 1953 , εκδίδει με χορηγίες άλλοτε της Κοινότητας του νησιού και άλλοτε πλουσίων Υδραίων , τους 16  τόμους του «Αρχείου της Κοινότητος Ύδρας», τους πέντε τόμους  του «Αρχείου Λαζαρου και Γεωργίου Κουντουριώτου» , τους  τρεις τόμους της « Ιστορίας της νήσου Ύδρας» , το ημερολόγιο του πλοίου του Αγώνα «Μιλτιάδης» καθώς και πλήθος μονογραφιών και ιστορικών μελετών  δημοσιευμένων σε περιοδικά της εποχής όπως το «Μέλλον της Υδρας» η τον «Κήρυκα της Αιγίνης». [Γιά την προσφορά του αυτή στην ελληνική ιστορική έρευνα, ο Λιγνός  τιμήθηκε με το βραβείο Κίτσου Μακρυγιάννη και ανακηρύχθηκε Αντεπιστέλλον  μέλος της Ακαδημίας Αθηνών].

Στο τμήμα Συγχρόνων Αρχείων εισέρχεται κατόπιν επιλογής αρχειακό υλικό από τις Δημόσιες υπηρεσίες του νησιού, αρχεία εκπαιδευτικά, διοικητικά,  εκκλησιαστικά, συλλογικά κλπ  καθώς και ιδιωτικά αρχεία προσώπων ή Φορέων τα οποία αποτελούν σημαντικές πηγές ιστορικής έρευνας για τον τόπο και προβάλλουν ιστορικά τον πρωταγωνιστικό ρόλο της Ύδρας από τον 18ο αιώνα μέχρι και τις μέρες μας.

Η Βιβλιοθήκη του Ι.Α.Μ.Υ. είναι μη δανειστική και περιλαμβάνει περί τους 7.000 τίτλους βιβλίων, κυρίως παλαιών και σπάνιων εκδόσεων, πολλές από τις οποίες χρονολογούνται από τις αρχές του 18ου αιώνα. Το περιεχόμενό της εμπλουτίζεται διαρκώς με νέες εκδόσεις ιστορικού και αρχειακού ενδιαφέροντος αλλά και με λογοτεχνικά βιβλία, περιοδικά, εφημερίδες κλπ.