Μεγάλο αριθμό επισκεπτών Ελλήνων και ξένων δέχεται καθημερινά το Ιστορικό Αρχείο – Μουσείο Ύδρας (IAMY), στο οποίο εκτίθενται σπουδαία έργα ζωγραφικής του 19ου αιώνα και πλήθος αντικειμένων- κειμηλίων από τον Αγώνα του 1821, υδραίικες φορεσιές της εποχής, χάρτες, όργανα ναυσιπλοΐας, κανόνια, ξυλόγλυπτα ακρόπρωρα και ακροστόλια πλοίων, κατασκευαστικά ομοιώματα και λιθογραφίες πλοίων του Αγώνα κλπ. Στο εκθεσιακό χώρο του ΙΑΜΥ εκτίθενται επίσης αντιπροσωπευτικά δείγματα ιστορικών εγγράφων του 18ου-19ου αιώνα από τα 18.000 περίπου πρωτογενή αρχειακά τεκμήρια που ανήκουν στη συλλογή του καθώς και ένα εντυπωσιακό φωτογραφικό αρχείο του νησιού με τη μεγάλη ναυτική παράδοση και ιστορία, που συγκινεί τούς επισκέπτες και σήμερα . Περιφερειακή υπηρεσία των Γενικών Αρχείων του Κράτους (ΓΑΚ), το Ιστορικό Αρχείο-Μουσείο Ύδρας ιδρύθηκε στα 1918 (ΦΕΚ Απριλίου 1918, Ν. 1289) και στεγάστηκε σε κτίριο που οικοδομήθηκε με δαπάνη του Υδραίου εφοπλιστή και ευεργέτη Γκίκα Ν. Κουλούρα. Στα 1972 για κατασκευαστικούς λόγους κατεδαφίστηκε το παλαιό κτίριο και στη θέση του οικοδομήθηκε το νέο ευμέγεθες οικοδόμημα, το οποίο εγκαινιάστηκε επίσημα τον Ιούλιο του 1996 και έκτοτε λειτουργεί σε καθημερινή βάση (μη εξαιρουμένου ούτε του Σαββατοκύριακου) για τους ερευνητές και το πολυπληθές κοινό των Ελλήνων και ξένων επισκεπτών του.
Στο μουσειακό χώρο του η νεοελληνική τέχνη τού 18ου-19ου και των αρχών του 20ου αιώνα, προσφέρει μερικές από τις πιο αξιόλογες δημιουργίες της . Εξαίρετα έργα ζωγραφικής διαθέτει η μουσειακή συλλογή του ΙΑΜΥ και μέσω αυτών η αίθουσα ΧΙ του Μουσείου έχει μετατραπεί σε Ιστορική Πινακοθήκη . Η υδραίικη κοινωνία απέδιδε όπως φαίνεται ιδιαίτερη σημασία στην τέχνη της ζωγραφικής, αφού το κάθε εύπορο σπίτι είχε την προσωπική του πολύτιμη ζωγραφική συλλογή (βλ. Κωνσταντίνα Αδαμοπούλου, Κατάλογος Ι.Α.Μ.Υ. 1999, Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων – Γενικά Αρχεία του Κράτους, έκδοση Σωματείου των Φίλων του ΙΑΜΥ) .
Αξιόλογοι ζωγράφοι της εποχής, όπως οι Υδραίοι Ανδρέας Κριεζής (1813-1880) και Γεράσιμος Βώκος (1861-1902),αλλά και ο Αυστριακός Φραγκίσκος Πίτζε( 1822-1862), ανταποκρινόμενοι στις απαιτήσεις της μικρής υδραϊκής κοινωνίας, έθεσαν την καλλιτεχνικό τους ταλέντο στην υπηρεσία του νησιού και ζωγράφισαν , κατόπιν παραγγελιών , αναπαραστάσεις μεγάλων ιστορικών γεγονότων, μορφές Αγωνιστών ή πορτρέτα συγγενών πολλών οικογενειών της Ύδρας.
Ειδικότερα , η Πινακοθήκη περιλαμβάνει τρεις θεματικές ενότητες έργων : α) Προσωπογραφίες ( κυρίως ελαιογραφίες) ιστορικών μορφών, β) πορτρέτα πλοίων του Αγώνα αλλά και νεότερων και γ) μία αξιόλογη συλλογή ναυτικών χαρτών. Θαυμάσιο έργο αγνώστου ζωγράφου είναι η ελαιογραφία του Υδραίου ναυμάχου Εμμανουήλ Τομπάζη, που αναπαρίσταται ακουμπισμένος στην κουπαστή του πλοίου του, πιθανώς στην γολέτα των Τομπάζηδων, την «Τερψιχόρη» .
Θαυμάσια είναι επίσης η ελαιογραφία του Γεράσιμου Βώκου που αναπαριστά την Υδραία αρχόντισσα Ελένη Δημ. Κριεζή, με ενδυμασία της εποχής . Η προσωπογραφία του Υδραίου γιατρού Ιωάννη Τέτζη, έργο του αυστριακής καταγωγής ζωγράφου Φραγκίσκου Πίτζε, είναι ένα ακόμα από τα σημαντικά έργα που εκτίθενται στο ΙΑΜΥ. Καθοριστική στο χώρο του προθαλάμου είναι και η Mεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου Βελεστινλή, φιλοτεχνημένη από το μεγάλο Έλληνα οραματιστή και τυπωμένη στη Βιέννη το 1793.
Στον χώρο αυτό μπορεί ακόμα κανείς να θαυμάσει την προσωπογραφία του Ανδρέα Μιαούλη , του μεγαλύτερου ναυάρχου-αγωνιστή τού υδραίικου ναυτικού Αγώνα φιλοτεχνημένη από το ζωγράφο Γεώργιο Ραψομανίκη (1880). Εντυπωσιάζει τον επισκέπτη άλλο ένα ξεχωριστό επίσης έκθεμα. Πρόκειται για την ασημένια λήκυθο με την ταριχευμένη καρδιά του Ανδρέα Μιαούλη. Ο Βασιλεύς Οθων έδωσε εντολή μετά το θάνατό του Υδραίου ήρωα , στις 11 Ιουνίου 1835, να αποσπαστεί η καρδιά του και να τοποθετηθεί στην λήκυθο ως σύμβολο ανδρείας και πατριωτισμού. Επάνω της είναι γραμμένη η επιγραφή «ΧΑΙΡΕ Η ΚΑΡΔΙΑ ΤΟΥ ΑΝΔΡΕΑ ΜΙΑΟΥΛΗ». Η λήκυθος με το προσκύνημα αυτό δωρήθηκε, τιμής ένεκεν, στην Υδρα, την ιδιαίτερη πατρίδα του Μιαούλη. Στον ίδιο χώρο έχει τοποθετηθεί και το ομοίωμα του Σταυρού τού Μιαούλη με τα γραπτά στοιχεία “Σταυρός πιστών το στήριγμα” (οριζόντια κεραία) και “Σταυρού τύπος εχθροίς τρόμος” (κάθετη κεραία). Σύμφωνα με τις μαρτυρίες ο ναύαρχος είχε αυτό το σταυρό μαζί του σε όλες τις ναυτικές επιχειρήσεις του και την κρίσιμη στιγμή της επίθεσης τον προέτασσε κατά του εχθρού.
Στα εκθέματα του Μουσείου , περιλαμβάνονται επίσης όπλα Υδραίων ναυμάχων, τρομπόνια, πιστόλες, σπαθιά, καριοφίλια κλπ. . Στα χρόνια του ελληνικού Αγώνα κατά των Οθωμανών, το προνόμιο της αγοράς καλών όπλων το είχαν περισσότερο οι νησιώτες και βεβαίως οι Υδραίοι ναυτικοί, που λόγω των ταξιδιών τους είχαν τη δυνατότητα να διαλέγουν και να προμηθεύονται όπλα από το εξωτερικό , κυρίως από τα λιμάνια της Ισπανίας , της Αγγλίας , της Γαλλίας και της Ιταλίας. Ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει τα τρομπόνια του Γεωργίου Σαχτούρη ή του Ανδρέα Πιπίνου, τις ασημοποίκιλτες πιστόλες του Γιακουμάκη Τομπάζη αλλά και τα σπαθιά του Αγωνιστή Πανουργιά ή και τουρκικά όπλα -λάφυρα από διάφορες νικηφόρες ναυμαχίες τoυ υδραίικου στόλου..
Το Ιστορικό Αρχείο διαθέτει πλούσιο υλικό για τους ιστορικούς και τους ενδιαφερόμενους ερευνητές . Όσον αφορά τα χειρόγραφα έγγραφα, αυτά ανέρχονται σε 18.000 περίπου ενώ υπάρχουν και 122 –χειρόγραφοι κυρίως- κώδικες και κοινοτικά κατάστιχα , που καλύπτουν χρονικά την περίοδο από τις αρχές του 18ου έως και τα μέσα του 19ου αιώνα .
Στις συλλογές του Ιστορικού Αρχείου Ύδρας περιλαμβάνονται επίσης ατομικοί φάκελλοι Αγωνιστών και προσωπικοτήτων όπως του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, του Ιωάννη Μακρυγιάννη , του Ανδρέα Μιαούλη, του Ιωάννη Καποδίστρια αλλά και σιγίλιον του Πατριάρχη Γρηγορίου του Ε΄ καθώς και πολλές επιστολές Φιλελλήνων.
Η διάσωση και ταξινόμηση του αρχειακού αυτού υλικού, που δίνει πολλές πληροφορίες για την κατάσταση της Ελλάδας τούς δύο προηγούμενους αιώνες, οφείλεται στον Υδραίο ιστοριοδίφη Αντώνιο Λιγνό, ο οποίος ως Διευθυντής του ΙΑΜΥ από το 1920 έως το 1953 , εκδίδει με χορηγίες άλλοτε της Κοινότητας του νησιού και άλλοτε πλουσίων Υδραίων , τους 16 τόμους του «Αρχείου της Κοινότητος Ύδρας», τους πέντε τόμους του «Αρχείου Λαζαρου και Γεωργίου Κουντουριώτου» , τους τρεις τόμους της «Ιστορίας της νήσου Ύδρας» , το ημερολόγιο του πλοίου του Αγώνα «Μιλτιάδης» καθώς και πλήθος μονογραφιών και ιστορικών μελετών δημοσιευμένων σε περιοδικά της εποχής όπως το «Μέλλον της Υδρας» ή ο «Κήρυκας της Αιγίνης». Γιά την προσφορά του αυτή στην ιστορική έρευνα, ο Λιγνός τιμήθηκε με το βραβείο Κίτσου Μακρυγιάννη και ανακηρύχθηκε Αντεπιστέλλον μέλος της Ακαδημίας Αθηνών].
Στο Τμήμα Συγχρόνων Αρχείων του ΙΑΜΥ συνεχίζει να εισέρχεται, κατόπιν επιλογής, αρχειακό υλικό από τις Δημόσιες υπηρεσίες του νησιού, όπως αρχεία εκπαιδευτικά, διοικητικά, εκκλησιαστικά, συλλογικά κλπ καθώς και πολλά Ιδιωτικά Αρχεία προσώπων ή Φορέων, τα οποία αποτελούν σημαντικές πηγές ιστορικής έρευνας για τον τόπο και προβάλλουν ιστορικά τον πρωταγωνιστικό ρόλο της Ύδρας από τις αρχές του 18ου αιώνα μέχρι και τις μέρες μας.
Η Βιβλιοθήκη του Ι.Α.Μ.Υ. είναι μη δανειστική και περιλαμβάνει, μέχρι στιγμής ,περί τους 15.000 τόμους βιβλίων, κυρίως παλαιών και σπάνιων εκδόσεων, πολλές από τις οποίες χρονολογούνται από τις αρχές του 18ου αιώνα. Το περιεχόμενό της εμπλουτίζεται διαρκώς με νέες εκδόσεις ιστορικού και αρχειακού ενδιαφέροντος αλλά και με λογοτεχνικά βιβλία, περιοδικά, εφημερίδες κλπ.
Στο μουσειακό χώρο του η νεοελληνική τέχνη τού 18ου-19ου και των αρχών του 20ου αιώνα, προσφέρει μερικές από τις πιο αξιόλογες δημιουργίες της . Εξαίρετα έργα ζωγραφικής διαθέτει η μουσειακή συλλογή του ΙΑΜΥ και μέσω αυτών η αίθουσα ΧΙ του Μουσείου έχει μετατραπεί σε Ιστορική Πινακοθήκη . Η υδραίικη κοινωνία απέδιδε όπως φαίνεται ιδιαίτερη σημασία στην τέχνη της ζωγραφικής, αφού το κάθε εύπορο σπίτι είχε την προσωπική του πολύτιμη ζωγραφική συλλογή (βλ. Κωνσταντίνα Αδαμοπούλου, Κατάλογος Ι.Α.Μ.Υ. 1999, Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων – Γενικά Αρχεία του Κράτους, έκδοση Σωματείου των Φίλων του ΙΑΜΥ) .
Αξιόλογοι ζωγράφοι της εποχής, όπως οι Υδραίοι Ανδρέας Κριεζής (1813-1880) και Γεράσιμος Βώκος (1861-1902),αλλά και ο Αυστριακός Φραγκίσκος Πίτζε( 1822-1862), ανταποκρινόμενοι στις απαιτήσεις της μικρής υδραϊκής κοινωνίας, έθεσαν την καλλιτεχνικό τους ταλέντο στην υπηρεσία του νησιού και ζωγράφισαν , κατόπιν παραγγελιών , αναπαραστάσεις μεγάλων ιστορικών γεγονότων, μορφές Αγωνιστών ή πορτρέτα συγγενών πολλών οικογενειών της Ύδρας.
Ειδικότερα , η Πινακοθήκη περιλαμβάνει τρεις θεματικές ενότητες έργων : α) Προσωπογραφίες ( κυρίως ελαιογραφίες) ιστορικών μορφών, β) πορτρέτα πλοίων του Αγώνα αλλά και νεότερων και γ) μία αξιόλογη συλλογή ναυτικών χαρτών. Θαυμάσιο έργο αγνώστου ζωγράφου είναι η ελαιογραφία του Υδραίου ναυμάχου Εμμανουήλ Τομπάζη, που αναπαρίσταται ακουμπισμένος στην κουπαστή του πλοίου του, πιθανώς στην γολέτα των Τομπάζηδων, την «Τερψιχόρη» .
Θαυμάσια είναι επίσης η ελαιογραφία του Γεράσιμου Βώκου που αναπαριστά την Υδραία αρχόντισσα Ελένη Δημ. Κριεζή, με ενδυμασία της εποχής . Η προσωπογραφία του Υδραίου γιατρού Ιωάννη Τέτζη, έργο του αυστριακής καταγωγής ζωγράφου Φραγκίσκου Πίτζε, είναι ένα ακόμα από τα σημαντικά έργα που εκτίθενται στο ΙΑΜΥ. Καθοριστική στο χώρο του προθαλάμου είναι και η Mεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου Βελεστινλή, φιλοτεχνημένη από το μεγάλο Έλληνα οραματιστή και τυπωμένη στη Βιέννη το 1793.
Στον χώρο αυτό μπορεί ακόμα κανείς να θαυμάσει την προσωπογραφία του Ανδρέα Μιαούλη , του μεγαλύτερου ναυάρχου-αγωνιστή τού υδραίικου ναυτικού Αγώνα φιλοτεχνημένη από το ζωγράφο Γεώργιο Ραψομανίκη (1880). Εντυπωσιάζει τον επισκέπτη άλλο ένα ξεχωριστό επίσης έκθεμα. Πρόκειται για την ασημένια λήκυθο με την ταριχευμένη καρδιά του Ανδρέα Μιαούλη. Ο Βασιλεύς Οθων έδωσε εντολή μετά το θάνατό του Υδραίου ήρωα , στις 11 Ιουνίου 1835, να αποσπαστεί η καρδιά του και να τοποθετηθεί στην λήκυθο ως σύμβολο ανδρείας και πατριωτισμού. Επάνω της είναι γραμμένη η επιγραφή «ΧΑΙΡΕ Η ΚΑΡΔΙΑ ΤΟΥ ΑΝΔΡΕΑ ΜΙΑΟΥΛΗ». Η λήκυθος με το προσκύνημα αυτό δωρήθηκε, τιμής ένεκεν, στην Υδρα, την ιδιαίτερη πατρίδα του Μιαούλη. Στον ίδιο χώρο έχει τοποθετηθεί και το ομοίωμα του Σταυρού τού Μιαούλη με τα γραπτά στοιχεία “Σταυρός πιστών το στήριγμα” (οριζόντια κεραία) και “Σταυρού τύπος εχθροίς τρόμος” (κάθετη κεραία). Σύμφωνα με τις μαρτυρίες ο ναύαρχος είχε αυτό το σταυρό μαζί του σε όλες τις ναυτικές επιχειρήσεις του και την κρίσιμη στιγμή της επίθεσης τον προέτασσε κατά του εχθρού. 
Στα εκθέματα του Μουσείου , περιλαμβάνονται επίσης όπλα Υδραίων ναυμάχων, τρομπόνια, πιστόλες, σπαθιά, καριοφίλια κλπ. . Στα χρόνια του ελληνικού Αγώνα κατά των Οθωμανών, το προνόμιο της αγοράς καλών όπλων το είχαν περισσότερο οι νησιώτες και βεβαίως οι Υδραίοι ναυτικοί, που λόγω των ταξιδιών τους είχαν τη δυνατότητα να διαλέγουν και να προμηθεύονται όπλα από το εξωτερικό , κυρίως από τα λιμάνια της Ισπανίας , της Αγγλίας , της Γαλλίας και της Ιταλίας. Ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει τα τρομπόνια του Γεωργίου Σαχτούρη ή του Ανδρέα Πιπίνου, τις ασημοποίκιλτες πιστόλες του Γιακουμάκη Τομπάζη αλλά και τα σπαθιά του Αγωνιστή Πανουργιά ή και τουρκικά όπλα -λάφυρα από διάφορες νικηφόρες ναυμαχίες τoυ υδραίικου στόλου.. Το Ιστορικό Αρχείο διαθέτει πλούσιο υλικό για τους ιστορικούς και τους ενδιαφερόμενους ερευνητές . Όσον αφορά τα χειρόγραφα έγγραφα, αυτά ανέρχονται σε 18.000 περίπου ενώ υπάρχουν και 122 –χειρόγραφοι κυρίως- κώδικες και κοινοτικά κατάστιχα , που καλύπτουν χρονικά την περίοδο από τις αρχές του 18ου έως και τα μέσα του 19ου αιώνα .
Στις συλλογές του Ιστορικού Αρχείου Ύδρας περιλαμβάνονται επίσης ατομικοί φάκελλοι Αγωνιστών και προσωπικοτήτων όπως του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, του Ιωάννη Μακρυγιάννη , του Ανδρέα Μιαούλη, του Ιωάννη Καποδίστρια αλλά και σιγίλιον του Πατριάρχη Γρηγορίου του Ε΄ καθώς και πολλές επιστολές Φιλελλήνων.
Η διάσωση και ταξινόμηση του αρχειακού αυτού υλικού, που δίνει πολλές πληροφορίες για την κατάσταση της Ελλάδας τούς δύο προηγούμενους αιώνες, οφείλεται στον Υδραίο ιστοριοδίφη Αντώνιο Λιγνό, ο οποίος ως Διευθυντής του ΙΑΜΥ από το 1920 έως το 1953 , εκδίδει με χορηγίες άλλοτε της Κοινότητας του νησιού και άλλοτε πλουσίων Υδραίων , τους 16 τόμους του «Αρχείου της Κοινότητος Ύδρας», τους πέντε τόμους του «Αρχείου Λαζαρου και Γεωργίου Κουντουριώτου» , τους τρεις τόμους της «Ιστορίας της νήσου Ύδρας» , το ημερολόγιο του πλοίου του Αγώνα «Μιλτιάδης» καθώς και πλήθος μονογραφιών και ιστορικών μελετών δημοσιευμένων σε περιοδικά της εποχής όπως το «Μέλλον της Υδρας» ή ο «Κήρυκας της Αιγίνης». Γιά την προσφορά του αυτή στην ιστορική έρευνα, ο Λιγνός τιμήθηκε με το βραβείο Κίτσου Μακρυγιάννη και ανακηρύχθηκε Αντεπιστέλλον μέλος της Ακαδημίας Αθηνών].
Στο Τμήμα Συγχρόνων Αρχείων του ΙΑΜΥ συνεχίζει να εισέρχεται, κατόπιν επιλογής, αρχειακό υλικό από τις Δημόσιες υπηρεσίες του νησιού, όπως αρχεία εκπαιδευτικά, διοικητικά, εκκλησιαστικά, συλλογικά κλπ καθώς και πολλά Ιδιωτικά Αρχεία προσώπων ή Φορέων, τα οποία αποτελούν σημαντικές πηγές ιστορικής έρευνας για τον τόπο και προβάλλουν ιστορικά τον πρωταγωνιστικό ρόλο της Ύδρας από τις αρχές του 18ου αιώνα μέχρι και τις μέρες μας.
Η Βιβλιοθήκη του Ι.Α.Μ.Υ. είναι μη δανειστική και περιλαμβάνει, μέχρι στιγμής ,περί τους 15.000 τόμους βιβλίων, κυρίως παλαιών και σπάνιων εκδόσεων, πολλές από τις οποίες χρονολογούνται από τις αρχές του 18ου αιώνα. Το περιεχόμενό της εμπλουτίζεται διαρκώς με νέες εκδόσεις ιστορικού και αρχειακού ενδιαφέροντος αλλά και με λογοτεχνικά βιβλία, περιοδικά, εφημερίδες κλπ.